Jennifer Doudnas Forschungsschwerpunkt lag zu jener Zeit auf der Erforschung der RNA. RNA, quasi der molekulare Zwilling der DNA, ist die Form des Erbguts, die den Bauplan für die Proteine enthält. Im Gegensatz zur DNA, die eine doppelsträngige Helix ausbildet, ist die RNA nur einsträngig. Doudna forschte auf dem zur damaligen Zeit noch recht neuen Gebiet der RNA Interferenz. Dieser Mechanismus dient der zielgerichteten Abschaltung von Genen. Aufgrund ihrer Forschungsleistungen wurde Doudna als eine der ersten über eine neuartige Entdeckung informiert: auf dem Genom von verschiedensten Bakterienarten finden sich repetitive (sich wiederholende) DNA Sequenzen, die sich im Laufe der Evolution erstaunlich wenig verändert haben. Zwischen diesen sich wiederholenden Sequenzen sind wiederum nur einmalig vorkommende Sequenzen zu finden, diese jedoch variieren von Bakterium zu Bakterium. Die sich wiederholenden Sequenzen wurden CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats) genannt. Was die Forscherinnen und Forscher nun faszinierte war, dass die einmalig vorkommenden Sequenzen dem Erbgut diverser Viren glichen. Erste Vermutungen legten hier bereits nahe, dass man eine Art bakterielles Immunsystem entdeckt hatte und dass der Mechanismus der von Doudna untersuchten RNA Interferenz gleichen könnte. Doudna war fasziniert und legte ihren Forschungsschwerpunkt fortan auf die Erforschung CRISPR-assoziierten Proteine, sogenannte Cas-Proteine, die zwischenzeitlich ebenfalls entdeckt worden waren. Auf einer Konferenz in Puerto Rico kamen die beiden Forscherinnen Doudna und Charpentier miteinander in Kontakt. Zwischenzeitlich hatte die Arbeitsgruppe von Emmanuelle Charpentier versucht, das CRISPR System auf S.pyogenes zu übertragen. In einer Kooperation ihrer Forschungsprojekte konnten Charpentier und Doudna nach vielen fehlgeschlagenen Versuchen zeigen, dass ein definiertes DNA Molekül von Cas9 in zwei Teile geschnitten wurde.