Ursachenforschung
Ein Mitglied der Untersuchungskommission war der 36 Jahre alte Max von Pettenkofer (1818-1901). Der Sohn eines Bauern hatte Pharmazie, Chemie und Medizin studiert und war 1847 von der Ludwig-Maximilians-Universität zum Professor für medizinische Chemie berufen worden. Die Frage, warum die Cholera in München so wüten konnte und wie man eine solche Seuche in Zukunft verhindern könnte, sollte ihn von nun an beschäftigen.
Pettenkofer suchte nicht nach dem Erreger der Krankheit, sondern er machte u.a. die durch Zersetzungsvorgänge verunreinigte Luft mitverantwortlich und empfahl regelmäßiges Lüften oder bzw. Siphons bei den Ausgüssen in Küchen und Aborten. 1865 eröffnete Pettenkofer in München sein Institut für Hygiene, das erste weltweit.
Bald erkannte er, dass auch die Brunnenqualität durch die städtischen Abwässer stark beeinträchtigt wurde. Auf seine Empfehlungen beauftragte die Regierung von Oberbayern die Stadtverwaltung München mit dem Ausbau eines Abwasserkanalsystems. Der Bauingenieur und spätere Stadtbaurat Arnold Zenetti plante und beaufsichtigte den Bau des ersten Sielsystems (Bauzeit 1862 bis 1887).